Les LNC gèrent et exploitent le site selon un modèle d’organisme gouvernemental exploité par un entrepreneur dans le cadre d’une entente conclue avec l’Énergie atomique du Canada limitée (EACL), qui demeure propriétaire du site et conserve les responsabilités connexes au nom du gouvernement du Canada.
D’importants changements ont été apportés à la façon dont le site des LCR est géré et exploité. Le 28 février 2013, le gouvernement du Canada avait annoncé son intention de lancer un processus concurrentiel officiel visant la participation du secteur privé dans la gestion et l’exploitation des laboratoires nucléaires.
En 2014, EACL a créé une société responsable de l’exploitation du site, à titre de filiale en propriété exclusive d’EACL, devant être administrée essentiellement au moyen de la gouvernance, des systèmes de gestion et de l’effectif qui étaient alors en place aux laboratoires nucléaires. Le processus de restructuration s’est déroulé tout au long de 2014. La société responsable de l’exploitation du site a reçu le nom de Laboratoires Nucléaires Canadiens Ltée le 30 mai 2014, après sa constitution en personne morale aux termes de la Loi canadienne sur les sociétés par actions.
Suivant l’établissement effectif des LNC le 3 novembre 2014, les LNC ont pris l’entière responsabilité des activités quotidiennes des laboratoires nucléaires, en même temps qu’étaient transférés aux LNC tous les permis délivrés auparavant à EACL par la Commission canadienne de sûreté nucléaire.
Le 26 juin 2015, le gouvernement du Canada a annoncé que la Canadian National Energy Alliance (CNEA) était le soumissionnaire retenu pour gérer et exploiter les LNC et, le 13 septembre 2015, la restructuration d’EACL s’est conclue par le transfert des parts des LNC à la Canadian National Energy Alliance.